Проф. Иван Миланов е носител
на международната награда “Kauchtschischvilli”
на Световната асоциация по главоболие за 1996 година.
Носител на наградата "Проф. Д-р Константин Чилов" за 2009 година.
Носител на наградата „Панацея” за 2009 година.
Носител на наградата “Проф. Д-р Константин Чилов” за 2005 година.
Удостоен с почетен знак “Български лекар” за 2004 г.
Награден с почетен медал по случай 90 години на Медицински факултет, София.